Центр «Биоинженерия» РАН был создан в 1991 году в результате преобразования Инженерного центра «Биоинженерия» при МНТК«Биотехнология» в самостоятельный научно-исследовательский институт АН СССР. Идея создания Центра, его организация, а также руководство им связаны с именем Константина Георгиевича Скрябина - выдающегося российского ученого в области биотехнологии, структурной и функциональной геномики, генетической инженерии.

Со времени своего образования Центр является одним из ведущих институтов российской и мировой науки, выполняющих фундаментальные научные исследования и прикладные разработки в области биоинженерии, нанобиотехнологии, геномики, генетической и клеточной инженерии, белковой инженерии, биоинформатики и системной биологии, биоэтики. 

В 2009 году Центр «Биоинженерия» РАН выполнял конкурсные задания по 14 государственным контрактам, а также по 6 программамфундаментальных исследований РАН, по 19 грантам РФФИ, 2 грантам Президента РФ. Участвовал в 3 международных проектах.