Центр "Биоинженерия" Российская Академия Наук

Группа мегасеквенирования

	Руководитель группы Колганова Татьяна Владимировна Кандидат технических наук (1999 г.), с.н.с.
Научные сотрудники:
	Баслеров Р.В., м.н.с	Пантелеева А.Н., старший лаборант-исследователь

Группа организована в 2007 г. как сервисное подразделение Центра “Биоинженерия” РАН для проведения работ по массовому определению первичных нуклеотидных последовательностей (автоматическому секвенированию) геномов микроорганизмов и растений, а также ДНК различных объектов.

Основные направления деятельности группы и достижения:
1. Автоматическое секвенирование полных геномов различных объектов:

12-хромосомы картофеля. Международный проект по секвенированию генома картофеля PGSC. К началу 2008 г. суммарно прочтено около 100 млн. нуклеотидов.

фотосинтезирующей бактерии Oscillochloris trichoides ssp DG6. Проект МКБ РАН «Секвенирование геномной ДНК фотосинтезирующей бактерии Oscillochloris trichoides» Размер генома ~ 4 млн нуклеотидов. Просеквенировано ~ 99% генома.

Полностью определены нуклеотидные последовательности:
- Desulforococcus kamchatskousis (гипертермофильной архебактерии). Размер генома ~1,37млн. нуклеотидов.
Просеквенировано ~10 млн. нуклеотидов
- хлоропласта ряски (Lemna minor). Размер генома ~0,16 млн. нуклеотидов.
2. Автоматическое секвенирование Проведение работ по автоматическому секвенированию ДНК различных источников (ПЦР-фрагменты, плазмиды, и др.) для лабораторий Центра “Биоинженерия” РАН, а также для сторонних организаций, выполняющих работы по государственным контрактам с Министерством промышленности, науки и технологий образования и науки Российской Федерации. Определены нуклеотидные последовательности около 10.000 ДНК-матриц из различных источников.
3.Идентификация. Проведение идентификации на основании сравнения полных и частичных нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК прокариотических микроорганизмов в рамках различных проектов РАН. Определены полные и частичные нуклеотидные последовательности генов 16S рРНК 17 штаммов бактерий.
Проведен сравнительный анализ первичных структур секвенированных последовательностей с данными по прокариотным организмам из международных баз данных нуклеотидных последовательностей.

Приборная база.

Группа мегасеквенирования Центра “Биоинженерия” РАН оснащена самым современным оборудованием, предназначенным для решения широкого спектра научных и научно-производственных задач.
Основное оборудование:

-автоматическая рабочая станция Parallab350(Parallabs,USA). Предназначена для проведения секвенирования, ПЦР, анализа SNP и генотипирования в нанолитровых объемах. В зависимости от протокола и задачи производительность Parallab 350 составляет до 1600 образцов в сутки
-aвтоматические ДНК-анализаторы (Applied Biosystems,USA):
ABI3730 (48капилляров-1шт), ABI3700 (96капилляров-2шт), ABI3100(4капилляра-1шт). Предназначены для капиллярного фореза.
-автоматическая рабочая станция для рассева геномных библиотек QPix2XT (Genetix, Great Britain).

Основные публикации:

1.Kublanov I.V., Prokofeva M.I., Kostrikina N.A., Kolganova T.V., Tourova T.P., Wiegel, J., Bonch-Osmolovskaya E.A. Thermoanaerobacterium aciditolerans sp. nov., a moderate thermoacidophile from a Kamchatka hot spring. Int J Syst Evol Microbiol. 2007 Feb; 57(2): 260-264.
2.Dimitry Yu. Sorokin, Yuri A. Trotsenko, Nina V. Doronina, Tatjana P. Tourova, Erwin A. Galinski, Tatjana V. Kolganova and Gerard Muyzer .Methylohalomonas lacus gen. nov., sp. nov. and Methylonatrum kenyense gen. nov., sp. nov.,methylotrophic gammaproteobacteria from hypersaline lakes Int J Syst Evol Microbiol. 2007 Dec;57(12): 2762-2769
3. Boltyanskaya Yu.V., Kevbrin V.V., Lysenko A.M., Kolganova T.V., Tourova T.P., Osipov G.A., and Zhilina T.N. Halomonas mongoliensis sp. nov. and Halomonas kenyensis sp. nov., New Haloalkaliphilic Denitrifiers Capable of N2O Reduction, Isolated from Soda Lakes Mikrobiologiya. 2007. 76 (6): 834-843.