Центр "Биоинженерия" Российская Академия Наук

ГРУППА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИАГНОСТИКИ
(Организована в 1999 году)

Состав группы
Основные направления деятельности и достижения группы
Основные проекты и гранты
Избранные публикации

Руководитель группы:
КУЗНЕЦОВ БОРИС БОРИСОВИЧ
с.н.с.
тел.: +7 (499)-135-3339
факс: +7 (499)-135-0571
e-mail: moldiag@biengi.ac.ru

Деятельность группы посвящена в основном разработке и применению методов, основанных на ПЦР, для идентификации генетических мишеней различного уровня сложности, начиная с конкретных генов и заканчивая геномом в целом.
Методы: секвенирование ДНК, ПЦР, ПЦР в реальном времени,
ПЦР-фингерпринтинг, ПЦР-маркирование, SNP-анализ, 16S рРНК анализ, ELISA
Состав группы:

ФИО	Должность, ученая степень	Е-mail
Кузнецов Борис Борисович	с.н.с.	moldiag@biengi.ac.ru
Булыгина Евгения Станиславовна	с.н.с., к.б.н.
	Бумажкин Борис Константинович н.с.		Патутина Екатерина Олеговна м.н.с.
Слободова Наталья Валерьевна	м.н.с., к.б.н.
Сухачева Марина Владимировна	н.с., к.б.н.
Цыганкова Светлана Валерьевна	м.н.с., к.б.н.
Шубина Алена Владимировна	Дипломник

Основные направления деятельности группы:

- разработка методов количественного и качественного анализа ГМО в продуктах питания и растительном материале;
- проведение молекулярно-биологического анализа ГМО;
- идентификация микроорганизмов при помощи филогенетического анализа генов 16S рРНК и фингерпринтинга;

- разработка молекулярных маркеров на основе ДНК на основе функциональных генов;
- выявление однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) ДНК, ассоциированных с наследуемыми заболеваниями;
- молекулярно-биологические исследования природных сообществ микроорганизмов;
- создание клональных библиотек секвенируемых объектов;
- секвенирование 12 хромосомы картофеля (совместно с группой мегасеквенирования);
- секвенирование генома фотосинтезирующей бактерии Oscillochloris trichoides.

Основные достижения:
• В рамках выполнения госконтрактов Роснауки и проекта ЕС CoExtra разработаны несколько наборов для идентификации конкретных трансформационных событий (линий трансгенных растений), разрешенных для пищевого использования на территории РФ, в том числе и для двух сортов трансгенного картофеля, устойчивого к колорадскому жуку, разработанных в Центре «Биоинженерия» РАН.
• К началу 2008 года в рамках секвенирования 12 хромосомы картофеля суммарно прочтено более 100 миллионов пар нуклеотидов хромосомной ДНК.
• В рамках совместной работы с НЦССХ РАМН им. А.Н.Бакулева по выявлению SNP, ассоциированных с развитием ССЗ, обнаружен новый тип наследуемой мутации, повышающий устойчивость к инфаркту миокарда, проведено исследование распределения нескольких типов SNP более чем у 100 пациентов.
• На основе оригинального метода ДНК-фингерпринтинга, DIR-ПЦР, разработаны ПЦР-маркеры, позволяющие идентифицировать конкретные группы микроорганизмов – фитопатогенные бактерии группы Agrobacterium tumefaciens, cryI-содержащие штаммы инсектопатогенных бактерий Bacillis thuringiensis, фитопатогенные бактерии вида Xanthomonas campestris pv. campestris.
• На основании сравнения нуклеотидных последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК, проведено определение таксономической принадлежности более 1000 штаммов бактерий. С использованием комплексного филогенетического анализа (гены, кодирующие 16S рРНК, ферменты циклов фиксации азота и углерода – nifH и RuBisCo) определена структура нескольких природных популяций бактерий и архей – из коралловидных построек в местах выхода метана в Черном море, бактериального сообщества эндосимбионтов жабр глубоководного моллюска Bathymodiolus azoricus, азотфиксирующих бактерий торфяных почв и др.

Основные проекты и гранты:

- интегрированный проект 6 Рамочной программы ЕС CoExtra (http://www.coextra.eu/);
- международный проект по секвенированию генома картофеля PGSC (http://www.potatogenome.net/)
- проект Роснауки «Поддержка сети центров коллективного пользования научным оборудованием»;
- проект МКБ РАН «Секвенирование геномной ДНК фотосинтезирующей бактерии Oscillochloris trichoides»

Основные публикации:
1. Турова Т.П., Спиридонова Е.М., Слободова Н.В., Булыгина Е.С., Кеппен О.И., Кузнецов Б.Б., Ивановский Р.Н. Филогения аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий семейства Oscillochloridaceae на основании сравнительного анализа генов rrs, cbbL и nifH. Микробиология. 2006, т. 75; № 2: 235–244.
2. Спиридонова Е.М., Кузнецов Б.Б., Пименов Н.В., Турова Т.П. Определение филогенетического разнообразия эндосимбионтов моллюска Bathymodiolus azoricus на основании анализа генов 16S рРНК, cbbL и pmoA. Микробиология. 2006, т. 75; № 6: 798-806.
3. Спиридонова Е.М., Берг И.А., Колганова Т.В., Ивановский Р.Н., Кузнецов Б.Б., Турова Т.П. Система олигонуклеотидных праймеров для амплификации генов рибулозо-1,5-бисфосфаткарбоксилазы/оксигеназы у бактерий различных таксономических групп. Микробиология. 2004, т. 73; № 3: 377-387.
4. Tsygankova S.V., Ignatov A.N., Boulygina E.S., Kuznetsov B.B., Korotkov E.V. Genetic relationships among strains of Xanthomonas campestris pv. campestris revealed by novel rep-PCR primers // European Journal of Plant Pathology. 2004; v. 110, № 8: 845-853.
5. Колганова Т.В., Кузнецов Б.Б., Турова Т.П. Подбор и тестирование олигонуклеотидных праймеров для амплификации и секвенирования генов 16S рРНК архей. Микробиология. 2002, т. 71; №2: 283-286.
6. Турова Т.П., Колганова Т.В., Кузнецов Б.Б., Пименов Н.В. Филогенетическое разнообразие архейного компонента бактериальных обрастаний на коралловидных постройках в зонах выхода метана в Черном море. Микробиология. 2002, т. 71; №2: 230-236.
7. Марусина А.И., Булыгина Е.С., Кузнецов Б.Б., Турова Т.П., Кравченко И.К., Гальченко В.Ф. Система олигонуклеотидных праймеров для амплификации генов nifH различных таксономических групп прокариот. Микробиология. 2001, т. 70; № 1: 86-91.
8. Keppen O.I., Tourova T.P., Kuznetsov B.B., Ivanovsky R.N., Gorlenko V.M. Proposal of Oscillochloridaceae fam. nov. on the basis of a phylogenetic analysis of the filamentous anoxygenic phototrophic bacteria, and emended description of Oscillochloris and Oscillochloris trichoides in comparison with further new isolates // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000; V.50, № 4: 1529-1537.
9. Кузнецов Б.Б., Колганова Т.В., Малошенко А.Л., Брагина И.В., Воронцова Т.В., Потапова Т.Н., Авдеенко Т.Ф., Терехова С.Ю. «Количественное определение содержания трансгенной сои RR40-3-2, устойчивой к гербициду глифосату, в пищевых продуктах и продовольственном сырье методом ПЦР в режиме реального времени с использованием тест-системы «Центр-кит 40-3-2» МР № 02.001-06 Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. М.: 2006. - 14 с.